Dumating si Basilio na duguan dahil hinabol siya ng mga gwardya sibil. Nalaman ni Sisa na napagbintangan si Crispin na nagnakaw. Pangarap ni Basilio na huminto sila sa pagiging sakristan, magpastol, at humanap ng lupa upang sakahin. Gusto niyang umunlad ang kanilang buhay, mapag-aral ang kapatid, at patigilin si Sisa sa pananahi.
Matamlay na nagmisa si Padre Salvi habang abala ang mga matatanda tungkol sa pista ng bayan. Dumating si Sisa na may dalang handog para sa mga pari. Nalaman niya na tumakas si Crispin at Basilio matapos daw magnakaw, at pupunta na ang mga gwardya sibil sa kanilang bahay. Pinagtawanan at tinuya si Sisa ng tagaluto, sinisi siya sa pagtuturo ng masamang asal sa kanyang mga anak.
Sa San Diego, ang mga tunay na makapangyarihan ay ang kura paroko at ang alperes. Bagama't mayaman at iginagalang, hindi kasama sina Don Rafael at Kapitan Tiago. Si Padre Bernardo Salvi ang bagong kura, at ang alperes ay kilala sa kanyang kalupitan. Sa kabila ng palihim na hidwaan, nagpapanggap silang magkasundo sa harap ng publiko.
Ipinapakita ang kadiliman ng sementeryo ng San Diego. Dalawang sepulturero ang abalang humuhukay ng bangkay na 20 araw pa lamang naililibing. Ang utos na ilipat ang bangkay ay mula kay Padre Garote, na si Padre Damaso, patungo sa libingan ng mga Instik.
Nagtungo si Crisostomo Ibarra sa sementeryo upang dalawin ang puntod ng kanyang ama. Doon, nalaman niya ang kalunos-lunos na kapalaran ng bangkay ng kanyang ama – itinapon pala ito sa lawa. Matapos magtanong, nalaman ni Ibarra na si Padre Damaso ang may kagagawan ng lahat.
Bumisita si Pilosopo Tasyo sa libingan ng kanyang asawa. Si Pilosopo Tasyo ay tanyag sa kakaibang personalidad at pananaw sa pulitika at lipunan, kaya tinawag siyang baliw. Nagbigay siya ng matalinghagang opinyon sa iba't ibang bagay at nirerespeto ang pananaw ng relihiyon sa purgatoryo.
Ipinakilala ang magkapatid na sakristan, sina Crispin at Basilio, mga anak ni Sisa. Pinagbintangan si Crispin na nagnakaw ng dalawang onsa. Dumating ang Sakristan Mayor at pinaghintay si Crispin hangga't hindi naibabalik ang salapi. Tumakas si Basilio mula sa kampanaryo gamit ang lubid ng kampana, habang kinaladkad ang kanyang kapatid.
Inilahad ang buhay ni Sisa, isang maralitang babae na may asawang tamad at iresponsable. Nagluto si Sisa ng masarap na hapunan para sa kanyang mga anak, ngunit inubos ito ng kanyang asawa. Labis siyang nalungkot dahil wala nang masarap na hapunan ang kanyang mga anak, ngunit nakarinig siya ng malakas na tawag ni Basilio.
Naglalarawan ang kabanata ng marangyang handaan sa bahay ni Kapitan Tiago para salubungin si Crisostomo Ibarra mula Europa. Dumalo ang maraming panauhin kabilang ang mga kilalang tao, kleriko, at Espanyol. Mainit na pinag-usapan ang mga Pilipino, ang pagkakaalis ni Padre Damaso sa San Diego, at ang monopolyo ng tabako.
Ipinakilala si Crisostomo Ibarra, ang nag-iisang anak ni Don Rafael Ibarra. Damang-dama ang kanyang pagluluksa. Nagpakilala siya sa mga panauhin, ngunit tinalikuran siya ni Padre Damaso. Napanatag ang kalooban ni Ibarra nang purihin ni Tenyente Guevara ang kanyang ama.
Sa hapunan, nagtalo sina Padre Damaso at Padre Sibyla kung sino ang uupo sa kabisera. Nauwi sa leeg at pakpak ng manok ang parte ni Padre Damaso sa tinola, na para kay Ibarra. Habang kumakain, ininsulto ni Padre Damaso si Ibarra, ngunit magalang na tinanggap ng binata at binanggit ang alaala ng pari bilang kaibigan ng kanyang ama.
Hinanap ni Ibarra si Tenyente Guevara upang malaman ang dahilan ng pagkamatay ng kanyang ama. Ayon sa Tenyente, maraming nagmamahal kay Don Rafael dahil sa pagiging matulungin, ngunit marami rin ang naiinggit. Nagkasakit at namatay si Don Rafael sa kulungan matapos pagbintangan ng pagka-erehe at pilibustero.
Nagtungo si Ibarra sa Maynila at habang nagmuni-muni, nakita niya ang nagliliwanag na bahay ni Kapitan Tiago. Dumating si Maria Clara sa kasiyahan at naging sentro ng atensyon dahil sa kanyang kagandahan. Si Padre Salvi, na may lihim na pagtingin kay Maria Clara, ay hindi makatulog.
Si Kapitan Tiago ay anak ng isang negosyante ng asukal na nakilala at pinakasalan si Pia Alba. Dahil sa kanilang yaman, naging bahagi sila ng mataas na lipunan. Sa anim na taong pagsasama, hindi sila magkaanak, kaya namanata sila at nanganak si Pia Alba, ngunit namatay. Si Padre Damaso ang tunay na ama ni Maria Clara.
Bumalik si Crisostomo Ibarra para makita si Maria Clara. Sa asotea, nag-usap sila tungkol sa kanilang mga damdamin, sinumpaan, at nakaraan. Naalala ni Ibarra na kinabukasan ay Undas, kaya nagpaalam siya. Hindi napigilan ni Maria Clara ang pagluha dahil sa pangungulila.
Naglakbay si Ibarra sakay ng kalesa sa Maynila, napansin niyang halos walang pinagbago ang bayan. Naisip niya ang sinabi ng kanyang gurong pari tungkol sa karunungan na dapat linangin at ibalik ng mga dayuhan. Naisip niyang ang Maynila ay tila napabayaan at hindi nagkaroon ng progreso.
Inutusan ni Padre Damaso si Kapitan Tiago na itigil ang pakikipag-ugnayan ni Maria Clara kay Ibarra. Sumunod si Kapitan Tiago at pinatay ang mga kandilang sinindihan ni Maria Clara. Samantala, ibinahagi ni Padre Sibyla sa isang paring may sakit ang mga kaganapan, kabilang ang pagtaas ng buwis at ang kaalaman ng mga Pilipino sa paghawak ng ari-arian.
Naglalarawan ang kabanata sa San Diego, isang payak na bayan sa baybay ng lawa. Ang simbahan ang namumuno sa San Diego, at si Padre Damaso ang dating kura paroko. Ayon sa alamat, isang matandang Kastila ang unang nagmay-ari ng gubat, na ipinamana sa kanyang anak na si Saturnino at naging Don Rafael. Ang pamumuno ni Don Rafael ang nagdala ng progreso, ngunit nagdulot din ng inggit.
Nagkita sina Ibarra at ang guro sa tabi ng lawa. Ibinahagi ng guro ang mga suliranin ng edukasyon tulad ng kakulangan ng pondo, kawalan ng silid-aralan, pakikialam ng mga pari, at kawalan ng pagkakaisa. Nangako si Ibarra na tutulungan ang guro upang mapaunlad ang sistema ng edukasyon.
Dumalo sina Ibarra at ang guro sa isang pulong sa tribunal tungkol sa nalalapit na kapistahan at pagtatayo ng paaralan. Nagkaroon ng diskusyon sa pagitan ng mga kador at liberal. Sa huli, walang bisa ang mga panukala dahil nakapagdesisyon na ang kura tungkol sa mga aktibidad: anim na prusisyon, tatlong sermon, tatlong misa mayor, at isang komedya.
Dali-daling umuwi si Sisa sa kanilang bahay matapos marinig ang balita ng posibleng pagdakip sa kanyang mga anak. Humarang ang mga gwardya sibil sa kanya at pilit siyang pinaamin tungkol sa nawawalang dalawang onsa. Kinaladkad siya sa kwartel. Pagkabalik sa bahay, wala ang kanyang mga anak, at nakita niya ang punit at dugo na damit ni Basilio na labis na nagpalalim ng kanyang pighati. Tuluyan nang nasira ang kanyang katinuan.
Dumating sina Maria Clara at Tiya Isabel sa San Diego. Napansin ni Maria Clara ang kakaibang kilos ni Padre Salvi, na nagdulot ng pagkabahala. Nagplano silang magpiknik, ngunit ayaw isama ni Maria Clara si Padre Salvi. Nagulantang si Maria Clara nang dumating ang Padre Salvi. Sa daan pauwi, nasalubong ni Ibarra ang isang lalaki na humihingi ng tulong para sa kanyang asawang nabaliw, na si Sisa.
Masiglang naghanda ang mga kababaihan at kalalakihan para sa piknik. Nagkaroon ng problema sa pangingisda at nalaman nilang may buwaya sa ilog. Nagdesisyon si Elias na hulihin ang buwaya. Matagumpay niyang natanod ang buwaya, ngunit natangay at nahulog sa tubig. Iniligtas ni Ibarra si Elias at napaslang nila ang buwaya. Nagpatuloy sila sa piknik sa kakahuyan.
Nagpunta si Padre Salvi sa piknik at narinig niyang pinagtatawanan siya ng mga dalaga. Binanggit ni Padre Salvi ang tungkol sa pagkakasakit ni Padre Damaso. Dumating si Sisa, ngunit agad umalis dahil sa pagkawala ng katinuan. Nagkaroon ng pagtatalo sina Don Filipo at Padre Salvi. Biglang dumating ang mga gwardya sibil na naghahanap kay Elias. Hindi natagpuan ng mga gwardya sibil si Elias.
Nagtungo si Ibarra sa bahay ni Pilosopo Tasyo upang humingi ng payo tungkol sa kanyang planong magpatayo ng paaralan. Ibinahagi ng pilosopo na ang kanyang mga isinulat ay para sa susunod na henerasyon. Pinayuhan niya si Ibarra na lapitan ang mga makapangyarihan tulad ng mga kura. Sa huli, binigyan ni Pilosopo Tasyo ng inspirasyon si Ibarra, sinasabing may ibang magpapatuloy sa kanyang mga nasimulan.
Abala ang buong bayan sa paghahanda para sa pista. Maraming pagkain at inumin mula sa ibang bansa ang inihanda. Si Ibarra ay abala rin sa pagpapagawa ng paaralan. Si Ibarra ang sumagot sa lahat ng gastos. Marami ang humanga kay Ibarra dahil sa kanyang proyekto, ngunit marami rin ang naging palihim niyang kaaway.
Nagsimula ang kwento sa paghahanda ni Kapitan Tiago para sa kapistahan. Maraming pagkain at inumin ang inihanda. Bandang hapon, nagkita sina Ibarra at Kapitan Tiago. Namasyal ang magkatipan at nasalubong ang isang ketongin. Inilapit ni Maria Clara ang ketongin at ibinigay ang kanyang regalo. Lumapit din si Sisa sa ketongin, sinabing nasa kampanaryo ang mga anak nito. Napagisip-isip ni Maria Clara na marami pang mahihirap.
Naiulat sa pahayagan sa Maynila ang mga kaganapan sa kapistahan. Hindi dumalo si Ibarra sa mga palabas. Nagkaroon ng prusisyon at sinundan ng misa. Nagkaroon din ng sayawan na pinangunahan nina Kapitan Tiago at Maria Clara. Sumulat si Maria Clara kay Ibarra, hiniling na siya ay dalawin at imbitahan sa pagpapasinaya ng paaralan.
Masiglang inumpisahan ang araw ng kapistahan sa San Diego. Hindi sang-ayon si Pilosopo Tasyo, sinasabing pag-aaksaya ng pera. Sumang-ayon si Don Filipo. Sinadya ni Padre Damaso na magkasakit upang makakuha ng higit na atensyon. Bandang 8 ng umaga, sinimulan ang mahabang prusisyon. Nagtapos ang prusisyon sa tapat ng bahay ni Kapitan Tiago, na inaabangan ng mga Kastila at nina Maria Clara at Ibarra.
Punong-puno ng tao ang simbahan. Hinintay ng lahat ang pagdating ng Alkade Mayor. Nang dumating ang Alkade Mayor, nagsimula na ang pagmimisa ni Padre Damaso, na sinamantala ang pagkakataon upang libakin si Padre Manuel Martin. Inilagay ni Padre Damaso ang sarili sa pedestal at patuloy sa kanyang pagyayabang.
Sinimulan ni Padre Damaso ang kanyang sermon sa Tagalog at Kastila. Ginamit niya ang sermon upang manlibak sa mga Pilipino at ipahiya ang mga taong hindi niya gusto. Marami ang nagsimulang antukin. Sina Maria Clara at Ibarra ay palihim na nagsusulatan. Hindi natuwa si Padre Salvi at nagpakuliling siya. Sumilip si Elias sa loob ng simbahan at binalaan si Ibarra na mag-ingat.
Naganap ang demonstrasyon ng isang taong dilaw kay Nol Juan tungkol sa paggamit ng panghugos. Naghanda ang mga guro at mag-aaral ng pagkain. Sinimulan ni Padre Salvi ang pagbabasbas. Habang bumababa si Ibarra para sa seremonya, biglang humulagpos ang lubid. Namatay ang taong dilaw. Pinigilan ni Ibarra ang alkade na ipahuli si Nol Juan.
Palihim na dumating si Elias sa bahay ni Ibarra upang mag-usap tungkol sa mga kaaway. Pinayuhan ni Elias si Ibarra na mag-ingat. Ibinahagi ni Elias na nalaman niyang nagpresenta ang taong dilaw kay Nol Juan. Naging interesado si Ibarra sa kaisipan ni Elias. Nagpaalam si Elias, bitbit ang pangako ng katapatan kay Ibarra.
Inaasahang darating ang heneral kaya nagplano ng pananghalian. Kasama ang mga kilalang tao, nagkaroon ng pananghalian. Napansin ng lahat ang hindi pagdating ni Padre Damaso. Nag-usap ang mga tao tungkol sa iba't ibang paksa. Nang dumating si Padre Damaso, sinimulan niya ang patutsada laban kay Ibarra. Muntik nang saksakin ni Ibarra si Padre Damaso, ngunit pinigilan siya ni Maria Clara.
Naging usap-usapan sa buong bayan ang pangyayari sa pananghalian. Maraming pumanig kay Padre Damaso. Naiintindihan ni Kapitan Martin ang galit ni Ibarra. Naniwala si Kapitan ng bayan na walang magagawa ang taong bayan. Natakot ang mga matatandang babae na mapunta sa impyerno. Naging malaking usapin din ang posibilidad na hindi matuloy ang pagpapatayo ng paaralan. Isang terminong hindi naintindihan ng mga magsasaka.
Dumating ang kapitan heneral nang walang abiso. Patuloy sa pagtangis si Maria Clara dahil sa pagbabawal ng kanyang ama na makipagkita kay Ibarra. Sinubukan siyang aliwin nina Tiya Isabel at Andeng. Iminungkahi ni Tiya Isabel na sumulat sa Papa. Nagpunta si Kapitan Tiago sa kumbento at inihayag ang desisyon ni Padre Damaso na sirain ang pakikipag-isang-dibdib ni Maria Clara kay Ibarra. Kalaunan, dumating ang kapitan heneral at napuno ang bahay ni Kapitan Tiago ng mga panauhin.
Agad ipinahahanap ng kapitan heneral si Ibarra. Kinausap niya ang mga pari, kabilang sina Padre Salvi at Padre Sibyla. Sinabi ng heneral sa alkalde mayor na protektahan si Ibarra. Nagpunta si Ibarra kay Maria Clara. Inutusan ng heneral na puntahan ni Ibarra si Maria Clara. Pinuri ng heneral si Kapitan Tiago sa pagkakaroon ng mabuting anak at manugang at nagprisinta pang maging ninong sa kasal nina Ibarra at Maria Clara.
Nagsimula ang prusisyon sa bayan. Lahat ng tao ay may bitbit na kandila. Ang kapitan heneral, mga kagawad, alkalde, alperes, si Kapitan Tiago at Ibarra ay magkakasama sa prusisyon. Hininto ang mga karo para sa tulang papuri o 'Lowa.' Inawit ni Maria Clara ang 'Ave Maria.' Tinawag pansamantala ang atensyon ni Ibarra ng kapitan heneral upang imbitahan siya. Pag-usapan ang pagkawala ng dalawang sakristan, sina Crispin at Basilio.
Ipinakilala si Donya Consolacion, asawa ng alperes, na nagpipilit magmukhang taga-Europa. Narinig niya ang awit ni Sisa mula sa kulungan. Nagalit si Donya Consolacion at ibinuhos ang lahat ng kanyang galit kay Sisa, nilatigo at inutusang kumanta. Nagsalita siya sa Tagalog, kaya napahiya at pinalayas ang gwardya sibil. Muli niyang sinubukan pasayawin si Sisa, ngunit nilatigo muli. Nawalan ng malay si Sisa.
Nagsimula ang pista sa pagsindi ng mga kuwitis. Si Don Filipo ang namahala. Dumating ang mga mahahalagang tao at nagsimula ang palabas. Lihim na nakatitig si Padre Salvi kay Maria Clara. Dumating si Ibarra. Pinakiusapan ng mga pari si Don Filipo na paalisin si Ibarra, ngunit tinanggihan ito. Umuwi ang mga pari. Nahanap ni Ibarra si Maria Clara dahil sa galit ng mga kalalakihan. Nagpatuloy si Padre Salvi sa pagmamanman, at nang mawalan ng malay si Maria Clara, si Ibarra ang bumuhat sa kanya.
Hindi makatulog si Ibarra. Dumating si Elias upang ipaalam na may sakit si Maria Clara. Ipinaliwanag ni Elias kung paano niya napigil ang kaguluhan. Nagmadaling gumayak si Ibarra upang bisitahin si Maria Clara. Nakasalubong niya si Lucas, kapatid ng taong dilaw, na nangungulit tungkol sa salapi. Maayos na sinagot ni Ibarra, ngunit mapilit si Lucas, kaya umalis siya. Naiwang galit si Lucas.
Lungkot ang naramdaman sa bahay ni Kapitan Tiago dahil sa pagkakasakit ni Maria Clara. Nag-usap sina Tiya Isabel at Kapitan Tiago tungkol sa crus. Dumating ang mag-asawang de Espadaña, kasama ang kanilang pamangkin, si Linares. Si Dr. Tiburcio de Espadaña ay isang pekeng doktor, na nagpakilala sa kanyang sarili bilang doktor. Si Donya Victorina de Espadaña, isang Pilipinang ambisyosa, ay nag-aastang Europeo. Pagdating sa bahay ni Kapitan Tiago, ipinakilala ni Donya Victorina si Linares kay Kapitan Tiago.
Tuloy-tuloy na pumasok sa silid ni Maria Clara si Padre Damaso. Ipinahayag niya ang kanyang pagmamahal sa dalaga. Umalis siya at nagtungo sa ilalim ng balag upang managhoy. Samantala, ipinakilala ni Donya Victorina si Linares kay Padre Damaso. Si Linares ay inanak ng bayaw ni Padre Damaso. Pumunta si Lucas kay Padre Salvi upang humingi ng katarungan para sa kanyang yumaong kapatid. Si Lucas ay pinalayas. Walang nagawa si Lucas kundi umalis.
Mataas pa rin ang lagnat ni Maria Clara, ngunit unti-unting bumuti ang kalagayan niya. Napag-usapan nina Padre Salvi, Kapitan Tiago, at mag-asawang Espadaña na malilipat si Padre Damaso sa Tayabas. Ikinabahala ito ni Kapitan Tiago. Sinabi ni Donya Victorina na ang paggaling ni Maria ay dahil sa panggagamot ni Don Tiburcio, ngunit sinalungat ito ni Padre Salvi. Pinayagan si Maria Clara na pumasok sa kumbento. Uminom si Maria Clara ng gamot. Nalaman din ni Maria Clara mula kay Sinang ang pagpapaalis ng excomunicado.
Sa isang yungib, natagpuan ni Elias si Kapitan Pablo. Nag-usap sila tungkol sa kanilang mga suliranin. Tinanggihan ni Kapitan Pablo ang paanyaya ni Elias, dahil determinado siyang ipaghiganti ang kanyang mga anak. Ang kanyang anak na babae ay pinagsamantalahan, at ang kanyang anak na lalaki ay pinatay. Nauunawaan ni Elias ang paghihiganti ni Kapitan Pablo, ngunit pinili niyang huwag maghiganti. Naisip ni Elias na maaaring makatulong si Ibarra sa pagpaparating ng mga hinaing sa heneral.
Sa bayan ng San Diego, may sabungan. Ilan sa mga dumalo ay sina Kapitan Tiago, Kapitan Basilio, at Lucas. Nagkasundo ang dalawa na magpustahan. Ang magkapatid na Tarsilo at Bruno ay walang salapi. Lumapit sila kay Lucas upang manghiram ng pera. May kondisyon si Lucas na kailangan nilang sumama sa paglusob sa kwartel. Tumanggi ang magkapatid. Ngunit nang makita nilang binigyan ni Lucas ng pera si Pedro. Hindi sila nakatiis at pumayag sa alok ni Lucas. Nagpatuloy ang labanan ng mga manok.
Habang nagaganap ang labanan sa sabungan, namamasyal sina Donya Victorina at Don Tiburcio. Nagalit si Donya Victorina sa tuwing hindi siya binibigyan ng galang, kaya nag-utos siya kay Don Tiburcio. Nagtagpo ang tingin nina Donya Victorina at Donya Consolacion. Nagkaroon ng tensyon. Sinugod ni Donya Victorina si Consolacion. Kinuha ni Donya Consolacion ang asawa. Sinubukan ni Donya Victorina na utusan si Don Tiburcio na hamunin ng barilan ang alperes. Dahil dito nahablot niya ang pustiso ng kanyang asawa. Nagtungo ang mag-asawang de Espadaña sa bahay ni Kapitan Tiago.
Dumating si Ibarra sa bahay ni Kapitan Tiago upang dalawin si Maria Clara at ibalita ang pagiging excomungado. Ipinakita niya ang sulat. Ngunit sa pagpunta ni Ibarra sa balkonahe, nakita niya sina Maria Clara at Linares na magkasama. Nagulat si Linares, samantalang namutla naman si Maria Clara. Pagkatapos sabihin ni Ibarra ang dahilan ng kanyang pagdalaw. Nagpaalam si Ibarra na babalik na lamang siya bukas. Naglakad si Ibarra. Sinabi ni Nol Juan na hindi naman mahalaga sa kanila ang excomunicado. Nakita ni Ibarra si Elias. Nagmungkahi si Elias na mamangka sila ni Ibarra. Dumating si Nol Juan ngunit wala roon ang pangalan ni Elias.
Nag-usap sina Ibarra at Elias sa bangka. Humingi ng paumanhin si Elias. Ipinatawag ng alperes si Ibarra. Hindi nagpatumpik-tumpik si Elias at agad sinabi ang kanyang pakay. Siya ay sugo ng mga sawimpalad na nangangailangan ng tulong. Ibinahagi ni Elias ang mga kahilingan ng mga sawimpalad. Nag-aalala si Ibarra na maaaring mas makasama ito. Kailangan gamutin ang ugat ng sakit ng lipunan. Hindi napayag ni Elias si Ibarra na sumang-ayon. Sasabihin niya na hindi.
Ibinahagi ni Elias ang kanyang mapait na pinagmulan. Siya ay nahatulan sa salang panununog. Ang kanyang asawa ay buntis. Ilang pamilya ang namatay. Lumipat ang pamilya sa ibang lalawigan at naging tulisan ang panganay na anak. Ang bunso ay tinawag na anak ng ina. Nagkaroon ng relasyon ang anak ng ina sa isang mayamang dalaga. Nagkaroon sila ng kambal na anak na sina Elias at Concordia. Namatay ang ina ng kambal. Elias ay nagpagala-gala at nakilala si Ibarra.
Nabagabag si Linares sa liham mula kay Donya Victorina. Dumalaw si Padre Salvi sa bahay nina Kapitan Tiago. Nagbalita tungkol sa pag-alis ng excomunicado kay Ibarra. Inilarawan niya si Ibarra. Nagpasalamat. Ipinasabi ni Maria Clara na limutin na lang siya ni Ibarra. Ngunit nais pa rin ni Ibarra na makausap ang kanyang kasintahan. Umalis si Ibarra.
Naganap ang misteryosong pag-uusap ng tatlong anino sa libingan. Nag-usap sila tungkol sa paglusob sa mga gwardya sibil. Nalaman na si Ibarra ang nagsilbing inspirasyon. Nagdesisyon silang magsugal. Nagsugal sina Elias at Lucas. Nagsugal sila sa ibabaw ng puntod. Nagsugal si Elias. Natatalo si Elias. Umalis si Elias.
Kumalat ang balita tungkol sa mga kakaibang ilaw sa libingan noong nakaraang gabi. Binigyang diin ng pari sa kanyang sermon ang tungkol sa mga kaluluwa sa purgatoryo. Hindi nakalampas sa mapanuring mata nina Don Filipo at Pilosopo Tasyo. Nagsimulang manghina si Pilosopo Tasyo. Pinag-usapan nila na tinanggap ng alkade ang pagbibitiw ni Don Filipo. Sa panahon ng digmaan, dapat manatili ang isang lider sa kanyang mga tao. Nagpatuloy ang kanilang pag-uusap tungkol sa mga pagbabago. Tinanong kung nanghihina. Mamamatay ang pilosopo. Ipinakiusap din ni Pilosopo Tasyo na sabihan si Ibarra. Nagpaalam na rin si Don Filipo.
Nagmadali si Padre Salvi sa bahay ng alperes upang ibalita ang nalalapit na pag-aalsa. Nagsimula silang maghanda. Humiling ang kura ng apat na gwardya sibil. Samantala, isang lalaki ang nagmamadaling pumunta sa bahay ni Ibarra. Sinabi ni Elias kay Ibarra na sunugin ang lahat ng kanyang mga aklat at kasulatan. Habang sinusunog ang mga papeles, nabasa ni Elias ang isang kasulatan. Nadiskubre ni Elias ang koneksyon ng angkan ni Ibarra sa matinding kasawian ng kanyang pamilya.
Naganap ang pagkakagulo sa bahay ni Kapitan Tiyago. Hindi mapakali si Maria Clara at Sinang. Si Padre Salvi, na may kaba, ay palakad-lakad. Nagulat si Ibarra ng biglaang umalingawngaw ang mga putok ng baril. Nagsimulang umangal si Tiya Isabel habang nagtago si Padre Salvi. Naririnig ng mga tao sa bahay ang putukan. Pagkatapos ng putukan, nagmadali si Ibarra pauwi sa kanyang bahay. Dumating ang mga kawal at isinama siya. Samantala, si Elias, na labis na naguguluhan, ay pumasok sa bahay ni Ibarra. Sinubukan niyang itago ang mga ebidensya sa pamamagitan ng pagsunog. Nang dumating ang mga kawal, huli na ang lahat. Isang pagsabog ang naganap.
Takot at kaba ang bumalot sa bayan ng San Diego. Unti-unti, nagkaroon ng lakas ng loob ang mga tao na magbukas ng kanilang mga bintana. Sinasabing may nangyaring kalagim-lagim na insidente noong nakaraang gabi. May mga chismis na kumalat na si Kapitan Pablo ang may kagagawan. Nababalita rin na nagtangkang itanan ni Ibarra si Maria Clara. Ngunit nabigo dahil sa paghadlang ni Kapitan Tiago at ng mga sibil. Isang lalaki ang nagsabing si Bruno ay nagtapat. Ibinunyag din na balak ni Ibarra na paghigantihan ang simbahan. Sinasabing ang mga sibil ang sumunog sa bahay ni Ibarra. Mayroong babaeng nagsabing nakita niya si Lucas na nakabitin sa ilalim ng puno ng santol.
Makikita ang matinding kalupitan ng mga gwardya sibil. Pinagbabantaan ng mga gwardya sibil ang mga batang sumisilip. Si Alperes, kasama ang kanyang asawa, ay naroon din upang panoorin. Dumating si Padre Salvi. Tinanong ang isang bihag na nagngangalang Tarsilo Alasigan. Ngunit iginiit ni Tarsilo na ang kanilang paglusob ay upang ipaghiganti ang kanilang ama. Ipinakita kay Tarsilo ang limang bangkay. Namatay si Tarsilo. Binalingan ng mga gwardya ang isang luko-luko na nagngangalang Andong. Ipinasok na lamang ito sa carcel.
Walang gustong dumamay kay Ibarra. Ang mga pamilya ng mga bilanggo ay tuliro. Maraming tao ang balisa. Ipinaparatang siyang duwag at sinumpa ng mga tao. Pati ang kanyang nuno. Nagsimulang tawagin na siyang erehe. Nagdasal si Elias. Sa huli, umalis si Pilosopo Tasyo. Natagpuan siyang nakahandusay sa pintuan ng kanyang bahay kinabukasan.
Naging mainit na usapin ang naganap na paglusob ng mga Sawimpalad. Naging abala ang mga tauhan sa kumbento. Nag-alok ng tulong sa pamahalaan. Si Padre Salvi ay itinuturing na bayani. Si Kapitan Tiago ay hindi mapakali. Sisi ng kanyang asawang si Kapitana Tinchang. Pinatawag nila ang kanilang pinsang si Don Primitivo. Sinabi nito na dapat magbigay ng regalo. Nagdala ng paanyaya sa ilang mayayaman at tanyag na tao sa Tondo, kabilang si Kapitan Tinong. Tumuloy sa puwersa de Santiago.
Nagpasya si Kapitan Tiago na ipakasal ang anak kay Linares. Baligtad ang nangyari kay Kapitan Tinong. Lumabas na iniligtas ni Elias si Ibarra. Pumunta naman si Maria Clara sa Asotea. Elias at Ibarra ang sumakay. Ang bangka ay punong-puno ng damo. Pumunta si Maria Clara sa Asotea. Nakita niya ang isang bangkang dahan-dahang lumalapit. Sa kasal ni Maria Clara. Nagpaalam si Ibarra upang sabihin na bibigyan siya ng kalayaan. Dahil dito, inamin ni Maria Clara ang dahilan. Hindi niya mahal si Linares. Niyakap ni Ibarra si Maria Clara.
Ipinagpatuloy ni Elias ang pagsasakay kay Ibarra. Inalok ni Ibarra si Elias na sumama sa kanya sa ibang bansa. Ngunit tinanggihan niya ito. Napansin nila ang kaguluhan sa palasyo. Pinatigil sila ng polvorista. Nagpatuloy sila sa pagsasagwan. Dumating sila sa ilog Pasig. Nakarating sila sa Sta. Ana. Nakita ng bantay ang bangka nila sa lawa. Sinubukan ni Elias na iwasan ang mga sibil. Sumisid si Elias. Pinaputukan ng mga sibil si Elias. May bahid ng dugo sa tubig. Umalis ang mga sibil.
Maria Clara ay abala sa pag-iisip tungkol sa balita ng pagkamatay ni Ibarra. Yumao si ibarra. Humingi siya ng tulong. Wala na siyang ibang pakakasalan. Dalawang bagay na lamang ang mahalaga: ang kamatayan o ang kumbento. Ngunit sumang-ayon si Maria Clara. Nagpasiya si Padre Damaso. Bago umalis. Sumigaw si Padre Damaso.
Nakatira ang isang pamilyang Tagalog sa dampa sa bundok. Nanirahan dito sina Basilio at isang batang babae. Basilio ang inalagaan ng matanda. Pinayagan siyang umuwi ng matanda. Pinagbaunan pa siya ng pindang na usa. Notche Buwena na sa bayan ng San Diego. Si Don Filipo ay napawalang-sala. Nakita nila si Sisa. Nagsimulang lumuhod si Basilio sa libingan. Nakita niya si Sisa. Binato si Basilio ng alilang babae. Tumakbo si Sisa. Nasaksihan ng buong bayan ng San Diego ang malaking siga.
Si Padre Damaso ay nanirahan sa Maynila. Natagpuan siyang patay sa kanyang kwarto. Si Padre Salvi naman ay pansamantalang nanungkulan. Si Kapitan Tiago ay dumaranas ng matinding kalungkutan. Nawala ang kanyang tiwala sa mga tao. Nalimot na rin ng mga tao ang dati niyang kasikatan at karangalan. Si Donya Victorina ay patuloy sa kanyang pagpapanggap. Siya na ngayon ang nangunguna.