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La endogamia a menudo conduce a una descendencia de baja calidad debido a que los organismos son diploides, lo que significa que tienen dos copias de cada gen. Si bien algunos genes dominantes determinan las características, los genes recesivos pueden ocultarse fácilmente. Sin embargo, muchos genes recesivos son perjudiciales porque son genes que han mutado y ya no funcionan correctamente. Los individuos suelen portar alrededor de ocho de estos genes recesivos 'devastadores' sin mostrar ningún efecto, ya que la copia funcional compensa. La selección natural no puede eliminar estos genes recesivos mientras permanezcan ocultos por un alelo funcional.
La probabilidad de que se expresen los genes recesivos dañinos aumenta drásticamente en la descendencia de parientes cercanos, como hermanos. Esto se debe a que parientes cercanos como los hermanos comparten una parte significativa de su material genético, por lo que es mucho más probable que los mismos genes recesivos perjudiciales se hereden de ambos padres. Esto puede conducir a una 'depresión endogámica', un impacto negativo en la aptitud física de la descendencia.
A pesar de los riesgos, la endogamia a veces puede ser ventajosa, especialmente en escenarios donde la población está por debajo de la capacidad de carga. Por ejemplo, una hembra preñada que se encuentra en un nuevo territorio sin competidores podría establecer una población. En tales casos, habrá endogamia. La selección natural permite la endogamia si el beneficio de establecer una nueva población es lo suficientemente significativo como para superar los riesgos inmediatos.
La endogamia a menudo ocurre después de "cuellos de botella" poblacionales: situaciones en las que el número de individuos se reduce drásticamente. En estas circunstancias, la selección puede actuar para limpiar la población de genes recesivos dañinos, ya que ahora tienen una mayor probabilidad de expresarse y ser expuestos. Esto explica por qué las poblaciones con antecedentes de endogamia pueden eventualmente prosperar, como se ve en la recuperación de las poblaciones de nutrias marinas y elefantes marinos del norte. Aunque la endogamia sea costosa al principio, su coste disminuye rápidamente, lo que permite la supervivencia y el crecimiento de la población.